HLA 分型序列比对工具 TCRshows

怎么读结果：① 一致率 = 比对区内相同残基/碱基的比例；② 覆盖度 = 你的序列有多少被比对上（部分序列不影响判断，但会拉低覆盖度）； ③ 排序按匹配数（绝对相同位数）优先、一致率次之，因此长片段的精确匹配会排在前面。
关于分型歧义：HLA 命名中第 3、4 段（同义突变 / 非编码区）在蛋白序列上完全相同，只测外显子 2–3 时也无法区分很多等位基因， 所以「并列第一」是常态。工具会把同分的等位基因合并展示，并汇总到 2 段式分型（如 A*02:01）——这正是临床/科研通常报告的分辨率。
三套库怎么选：蛋白库（29,380 条 / 46,406 个等位基因）比氨基酸序列； 核酸库是 CDS（外显子拼接后的编码区）（37,700 条 / 46,647 个），不含内含子与 UTR，适合比对 cDNA / 拼接好的外显子； 基因组库（27,847 条，含内含子与 UTR）适合直接比对测序得到的基因组片段——把含内含子的序列丢进 CDS 库只会得到很低的覆盖度，反之亦然。 基因组库单条最长可达 13 kb，因此按位点分文件、用到才加载；选「全部位点」时会先用各位点代表序列自动判定位点，再只载入那一个位点。 注意基因组库收录的等位基因数明显少于 CDS 库（只有已测通全基因的才有），所以确定分型时通常仍以蛋白/CDS 库为准。