免疫组库分析 TCRshows

把 TCR 测序结果直接拖进来：10x Genomics、AIRR Rearrangement、 Adaptive immunoSEQ、MiXCR 四种常见格式自动识别，其它表格可手工映射列。一次得到克隆性、多样性、克隆大小分层、CDR3 长度分布、V/J 基因使用，以及多个样本之间的重叠与克隆追踪。 文件不会上传——解析与计算全部在你本地浏览器里完成，关掉页面即消失。

1 · 导入数据

可一次拖入多个文件，每个文件当作一个样本；同一实验的 pre / post 样本一起拖进来才能做重叠与克隆追踪。

把文件拖到这里，或点击选择 10x filtered_contig_annotations.csv · AIRR *.tsv · immunoSEQ *.tsv · MiXCR clones.txt · 通用 CSV / TSV

克隆型定义

链

克隆型表显示条数

只保留生产性序列剔除仅出现 1 次的克隆型抽平到最小样本深度后再比较

2 · 样本指标

指标怎么读

克隆性 Clonality = 1 − Shannon 均匀度。0 表示每个克隆型丰度相同，越接近 1 表示越被少数克隆占据。 TCR-T 回输后外周血 TRB 克隆性升高，通常说明输注产物在体内扩增。

Shannon 熵 H = −Σ p·ln p，同时反映丰富度与均匀度；均匀度（Pielou）= H / ln S，把丰富度的影响除掉。

Simpson（1−Σp²）是随机抽两条序列来自不同克隆型的概率；inverse Simpson（1/Σp²）等价于「有效克隆型数」。

D50 = 累计频率达到 50% 所需的克隆型数，越小越寡克隆；括号里是它占全部克隆型的百分比。

Gini 借自收入不平等，0 完全均匀、1 完全集中，对头部克隆比 Shannon 更敏感。

Chao1 用只出现 1 次与 2 次的克隆型数估计「测序没测到的那部分」，给出丰富度下界估计。仅在有计数的批量数据上有意义。

3 · 克隆型分布

样本

克隆大小分层

按各克隆型占样本的频率分档，看重复库被多大的克隆占据。

累计频率曲线

横轴为按丰度排序的克隆型序号（对数），纵轴为累计占比。曲线越陡越寡克隆。

CDR3 长度分布

按克隆型计数（不按模板数加权）。异常的长度偏移往往提示建库或过滤问题。

丰度最高的克隆型

4 · V / J 基因使用

按克隆型占比统计（每个克隆型计一次，不按模板数加权），基因名统一折算成 IMGT 命名。

V 基因使用（前 20）

J 基因使用（前 20）

V-J 配对

颜色深浅为该 V-J 组合占全部克隆型的比例，仅显示使用率最高的 V 与 J。

5 · 样本间比较

重叠指标

重叠矩阵

克隆频率追踪

对比

频率散点（双对数）

对角线上方为在纵轴样本中扩增的克隆型。只出现在单个样本中的克隆型画在边缘轴上。

变化最大的共享克隆型

格式、口径与局限

支持的输入

格式	典型文件	识别依据	丰度
10x Genomics V(D)J	filtered_contig_annotations.csv	barcode + chain + cdr3	细胞数（按 barcode 去重）
AIRR Rearrangement	*.tsv	v_call + junction_aa	duplicate_count / consensus_count，缺省 1
Adaptive immunoSEQ	*.tsv	amino_acid + templates 等	templates（无则 reads）
MiXCR	clones.txt / clones.tsv	aaSeqCDR3 + cloneCount	cloneCount / readCount
通用 CSV / TSV	任意	按列名猜，可手工改	指定的计数列，缺省 1

口径说明。 克隆型默认按 V + CDR3 氨基酸 + J 合并——只按 CDR3 氨基酸会把不同 V 基因的同名 CDR3 并成一条，按核苷酸则会把同义突变拆成多条。基因名统一折算成 IMGT 写法（immunoSEQ 的 TCRBV06-01 → TRBV6-1，等位基因后缀 *01 一律去掉）。 单细胞数据按 barcode 去重，一个细胞在一个克隆型里只计一次；α/β 配对模式下只用恰好含一条 TRA 与一条 TRB 的细胞，双 α 细胞与只测到单链的细胞会在配对统计里单列出来而不计入配对克隆型。

比较多个样本前请先看测序深度。丰富度类指标（克隆型数、Chao1、D50）强烈依赖测序深度，深度差几倍时直接比大小是没有意义的—— 勾选「抽平到最小样本深度」会把所有样本随机降采样到同一模板数后再算，这才是可比的口径（抽平使用固定随机种子，结果可复现）。克隆性与 Shannon 均匀度受深度影响较小，但也不是完全免疫。
本工具只做重复库层面的统计描述，不做克隆型的抗原特异性推断；要查某条 CDR3 是否已知靶点，见 TCRshowsdb。