新抗原 mRNA 疫苗设计TCRshows

把多条新抗原多肽串成单一开放阅读框（string-of-beads），选接头、加信号肽与 MITD，然后做这类设计里最容易被忽略的一步：枚举所有跨接缝新生的 8–11 肽，并通过排列顺序优化把其中带 HLA 锚定位点基序的那些降到最少。

1新抗原多肽

一行一条，可带 >名称 的 FASTA 标题行。个体化疫苗常用 25–27 aa 的长肽（突变位点居中），也可直接放 8–11 aa 的短表位。

示例：

2接头与两端元件

接头是接缝表位的第一道闸门：柔性 GS 接头里 G/S 在多数 HLA 超型上都是很差的锚定残基，天然就压低了接缝肽的结合可能。

锚定基序筛查是启发式，不是结合预测器。它只看常见 HLA 超型在 P2 与 PΩ 两个主锚定位点上的偏好残基，据此判断一条接缝肽「值不值得进一步查」。真正定量的结合亲和力请用 netMHCpan 一类的预测器，自身蛋白组比对请用本站的表位脱靶扫描——上面的按钮可以把接缝肽直接送过去。
为什么要专门看接缝。串联构建体里每两条多肽之间都会产生输入序列中原本不存在的新肽段。它们的风险有两类：一是成为免疫显性的「诱饵」，把免疫应答从真正的新抗原上引开；二是恰好与自身蛋白同源，带来自身免疫风险。第一类靠接头选择与排列顺序压制，第二类必须做蛋白组比对。所有结果仅供研究用途。

数据来源：MITD 与 MHC-I 信号肽取自 UniProtKB P04439（HLA-A α 链）的特征注释——信号肽 1–24、跨膜段 309–332、胞内段 333–365。锚定位点基序为常见 HLA 超型的公认偏好，仅作定性筛查之用。