表位脱靶扫描 TCRshows

输入 TCR-T 靶向的 HLA-I 类表位，在全部 2 万条人类蛋白里逐位点找出可能被同一条 TCR 交叉识别的相似肽段，并标出每条肽所在基因在 54 种正常组织的表达水平。这是 TCR 进入体内实验前的标准安全性动作。全部计算在你的浏览器本地完成，序列不上传。

1 · 表位与检索口径

先填表位序列，再选择怎么定义“相似”。默认的“≤2 个错配”适合快速摸底；正式的安全性评估应当用丙氨酸扫描结果来定义基序。

表位序列（8–15 个氨基酸）

HLA 限制性（用于锚定位点提示）

允许错配数

示例：

逐位点检索口径

2 · 扫描结果

仅显示锚定位点相符隐藏表位自身所在蛋白仅显示在正常组织有表达的（TPM ≥ 1）排序

相似肽	错配	基因	位置	锚定	BLOSUM62	正常组织表达峰值

方法、依据与局限

为什么要做这一步

MAGE-A3 / HLA-A*01:01（2013）：亲和力增强后的 TCR 交叉识别了肌联蛋白 titin 的一条相似肽，两名患者死于心源性休克。该肽与靶表位在多个位点不同，只有把「关键位点固定、其余放开」的基序拿去扫全蛋白组才能找到。
MAGE-A3 / HLA-A*02:01（2013）：TCR 交叉识别了脑内表达的 MAGE-A12 同源肽，两名患者出现致死性神经毒性。脱靶蛋白与靶蛋白同属一个基因家族，序列高度相似。
两起事件的共同点：体外用肿瘤细胞系筛过、也做过部分组织交叉反应，仍然漏掉了。全蛋白组的序列层面扫描是成本最低、也最早能做的一道筛子。

三种检索口径怎么选

错配数检索：允许任意 N 个位点不同。适合快速摸底与横向比较，N 越大结果越多。
丙氨酸扫描基序（X-scan）：把每个位点逐一换成丙氨酸测功能，功能显著下降的位点是 TCR 识别的关键位点、必须保持一致，其余位点放开为任意残基，再拿这个基序去扫全蛋白组。这是 MAGE-A3 事件之后确立的标准做法，也是本工具设计时对标的口径——请把你实验测到的关键位点在上面的网格里设为「必须一致」。
保守替换：每个位点允许 BLOSUM62 得分 ≥ 1 的替换。介于前两者之间，不需要实验数据就能得到一个比纯错配数更贴近生化性质的结果。

必须知道的局限

本工具做的是序列层面的候选肽枚举，不是结合预测，也不是安全性结论。它不能替代 pHLA 结合验证、细胞水平的杀伤/激活实验，以及正常组织交叉反应实验。具体地：
① 只覆盖 UniProtKB/Swiss-Prot 的 2 万条经过审编的规范序列，不含剪接异构体、非经典 ORF、翻译后修饰产物与个体多态性；
② 是否成为真实表位还取决于蛋白酶体加工、TAP 转运与 HLA 结合，本工具只在选定 HLA 的主锚定位点上给出相符性提示，不做结合亲和力预测；
③ GTEx 是正常组织 mRNA 中位表达，与蛋白水平、细胞亚群比例、HLA 表达量都不是一回事，低 TPM 不等于安全；
④ 表达量为 0 的组织同样可能因炎症、应激而上调。

数据来源

蛋白组：UniProtKB/Swiss-Prot Homo sapiens 审编条目，按 CC BY 4.0 使用。
组织表达：GTEx Portal v8 各组织基因中位 TPM（RNA-seq，仅汇总层数据）。
锚定位点偏好：依据 SYFPEITHI 与 MHC Motif Atlas 报道的各等位基因主锚定残基整理，仅作提示用途，不构成结合预测。
打分矩阵：BLOSUM62（Henikoff & Henikoff, 1992）。