mRNA 序列设计TCRshows

关于本工具的能力边界。二级结构用 Turner 2004 参数的 Zuker 算法在本地精确折叠，半衰期用 DegScore 2.1 预测——两者都对齐过各自上游实现的参考值。但有两点必须说清楚：其一，全长 mRNA 的精确折叠代价是 O(n³)，浏览器里跑不动，所以 ΔG 曲线与半衰期走的是 100 nt 滑窗局部折叠（RNAplfold 的做法），跨越上千碱基的长程配对不在其中；只有起始区那一段是整段精确折叠的。其二，退火过程本身仍由序列层面的代理指标驱动（CAI、GC、尿苷、CpG），结构只在最后的「5′ 端结构精修」里真正参与，以及在记分卡上如实报告——把折叠放进退火内循环需要线性时间折叠器，不在本版范围内。因此「稳定优先」这个预设的名字指的是它的优化目标，不是它的折叠自由能一定最低。其三，DegScore 的降解速率是逐位分值之和、随长度线性增长，而模型标定在 ~100 nt 的构建体上，所以这里主报长度无关的「每 nt 分值」，半衰期按模型自身的 100 nt 尺度换算后给出——用于候选之间横向比较，不要当成这条 mRNA 在细胞里的绝对寿命。其四，MRL 模型是我们用 GEO GSE114002 的随机 5′UTR MPRA 数据自训的 CNN（3×Conv1D，52 万参数，int8 量化后在页内推理，不依赖任何运行时）。上线的变长版留出集 R²=0.771，对天然人类 5′UTR R²=0.740、Spearman=0.805。同一架构在已发表 CNN 用的定长 50-mer 库上按同样协议评测得 R²=0.892（已发表值 ≈0.93），说明实现是对的。但它仍只是相关性模型：不要当成核糖体载量的绝对预测，训练区间是 25–100 nt，库里 225 条 5′UTR 有 75 条超出该范围、界面以 ? 标注为外推。其五，MRL 训练自单一细胞系、单一条件下的 MPRA，所以任何随条件变化的调控它都看不见——最典型的是 5′TOP 基序（核糖体蛋白基因的 5′UTR 几乎都带），它介导 mTOR 依赖的翻译抑制，在 mTOR 抑制剂用药或肿瘤微环境的营养/缺氧胁迫下会让 mRNA 被选择性关闭，而在 MPRA 里毫无体现。此类 UTR 界面已单独标注 5′TOP，请结合用药场景判断；训练区间是 25–100 nt，库里 225 条 5′UTR 有 75 条超出该范围，界面上以 ? 标注为外推。而且训练构建体的下游 CDS 是恒定的 eGFP，所以模型只反映 UTR 自身性质，接缝效应由折叠那一侧补上。所有结果仅供研究用途，UTR 序列的知识产权状态请自行核实后再用于产品开发。