TCR-mRNA 构建体设计TCRshows
从 V/J 基因与 CDR3 装配全长 TCR α/β 双链,接上恒定区,用 2A 肽连成单一开放阅读框,逐项校验后送去做密码子优化与 mRNA 构建体装配。面向 mRNA 电转的瞬时 TCR-T——不整合基因组,表达时限可控。
1TCR 序列
V/J 基因序列取自 IMGT,与序列工具用的是同一份数据,两处装配结果一致。CDR3 与 V 尾、J 头的重叠会自动对齐去重。
α 链
β 链
示例:
也可从 TCRshows-db 里挑一条已验证的 TCR 直接带参数跳转过来。
2恒定区与链间连接
鼠源恒定区(murinization)是抑制与内源人 TCR 错配的另一条常用路线:外源链之间优先配对,代价是可能引入鼠源表位、有免疫原性风险。可与额外二硫键叠加使用。
✓装配结果
逐项校验
全长开放阅读框(蛋白)
α 链可变区
β 链可变区
恒定区
Furin 位点
2A 连接
CDR3
这个页面只负责把蛋白序列拼对。密码子优化、UTR 选择、二级结构与 mRNA 构建体装配都在 mRNA 序列设计里完成——点上面的「送去做 mRNA 设计」会把装配好的 ORF 带过去。这样分开是因为两件事的失败模式完全不同:这里拼错一个残基就是一条无功能的 TCR,那里则是表达高低的问题。
关于 2A 的既有事实:核糖体跳跃会在第一条链的 C 端留下 2A 残基(约 20 aa),并在第二条链的 N 端留下一个脯氨酸。第二条链的天然前导肽仍能正常引导,脯氨酸随信号肽一起切除;第一条链的残基留在胞内段。这是 2A 双顺反子构建体的固有性质,不是装配错误。
要不要加 Furin 位点:在上游链与 2A 之间插一个 R-X-[K/R]-R 位点,高尔基体里的 Furin 会切在末位 R 之后,把那段 2A 残段从上游链切掉。但切完仍会留下若干碱性残基,做不到完全无痕;而 TCR 的这段残基挂在恒定区胞内端之后,多数报道未见明显影响。所以默认不加,需要时再选。所有结果仅供研究用途。
关于 2A 的既有事实:核糖体跳跃会在第一条链的 C 端留下 2A 残基(约 20 aa),并在第二条链的 N 端留下一个脯氨酸。第二条链的天然前导肽仍能正常引导,脯氨酸随信号肽一起切除;第一条链的残基留在胞内段。这是 2A 双顺反子构建体的固有性质,不是装配错误。
要不要加 Furin 位点:在上游链与 2A 之间插一个 R-X-[K/R]-R 位点,高尔基体里的 Furin 会切在末位 R 之后,把那段 2A 残段从上游链切掉。但切完仍会留下若干碱性残基,做不到完全无痕;而 TCR 的这段残基挂在恒定区胞内端之后,多数报道未见明显影响。所以默认不加,需要时再选。所有结果仅供研究用途。
数据来源:V/J 基因与等位基因序列来自 IMGT(与序列工具同源);恒定区序列来自 UniProtKB/Swiss-Prot——人源 TRAC P01848、TRBC1 P01850、TRBC2 A0A5B9,鼠源 TRAC P01849、TRBC1 P01852、TRBC2 P01851。额外二硫键修饰依据 Kuball 等 2007(Blood 109:2331)。